4、二者获批条件不同

一般情况下，申请建设综合保税区主要看当地是否确实有建设的需求和必要，以及建设的条件；而自由贸易试验区更加复杂，我个人总结了一下，一般要看是否有运行成熟的综合保税区、经济体量、外向度、是否有自己的特色，以及当地的开放意识和氛围。

5、二者制度创新力度不同

国家对自由贸易试验区的期待，应该比综合保税区更高。综合保税区一般很难获得省级下放权限，而这在自由贸易区已经是必备内容。

自由贸易区对于本地来说，具有高度的自主创新权限，当年上海自由贸易试验区运行后就有“法无禁止皆可为”这样表述。2019年国家梳理出了202条自由贸易试验区可复制可推广经验，基本都是各自由贸易试验区开展制度创新得以实现，并被国家认可和推广的，其中一部分向全国推广，有一部分向海关特殊监管区推广，包括综合保税区。

6、二者也有密切的联系

虽然综合保税区并不能称之为国际上通行的自由贸易区，也与我国已经获批运行的“1+3+7+1+6”这18个自由贸易试验区不属一个序列，但我国自由贸易试验区里一般都有一个已经运行的综合保税区，比如上海自贸试验区包含着浦东机场综合保税区，湖北自贸试验区包含着武汉东湖综合保税区、重庆自贸试验区包含着西永综合保税区，黑龙江自贸试验区包含着绥芬河综合保税区，等等。它们是自由贸易试验区与国际接轨、对接WTO重要的组成部分。